Comprensione della malattia con Tabula Muris - Il database open source tramite Chan Zuckerberg Biohub

In questo nuovo articolo di Open Science, abbiamo esplorato un database open source chiamato Tabula Muris e in che modo può contribuire significativamente al processo di comprensione della malattia per la sua prevenzione o cura.

Ma prima di farlo, vorremmo introdurre in breve l'iniziativa Chan Zuckerberg di Priscilla Chan e suo marito Mark Zuckerberg, che già conosciamo come fondatore e CEO di Facebook.

L'iniziativa è stata fondata il 1 ° dicembre 2015, con particolare attenzione al supporto della scienza attraverso la ricerca biomedica di base e l'istruzione attraverso l'apprendimento personalizzato. Ha una dotazione del 99% delle azioni di Facebook, impegnata a $ 45 miliardi.

Il seguente video descrive il suo viaggio finora:

Il Chan Zuckerberg Biohub, con il marchio "CZ Biohub", fa parte di questa iniziativa che opera separatamente. I ricercatori della Stanford University, del Chan Zuckerberg Biohub, del VA Palo Alto Healthcare System e della University of California hanno formato una squadra e creato un database Open Source abbastanza completo di cellule di topo e lo hanno battezzato Tabula Muris, che significa "Mouse Atlas".

Il Biohub conduce ricerche seguendo questi semplici ideali:

  • Aiutare a risolvere grandi problemi di salute trovando e sostenendo i biologi, scienziati, ingegneri e tecnologi migliori e più brillanti.
  • Una cultura che enfatizza la libertà intellettuale e la collaborazione.
  • Fornire al proprio team i migliori strumenti scientifici.
  • Inventare gli strumenti scientifici giusti quando non sono disponibili a portata di mano.

Perché questo nuovo database Open Source è così importante per la comprensione della malattia?

Dietro ogni misura preventiva o cura, si trova quanto bene sia compresa una malattia per curarla o gestirla.

Prima di conoscere il contenuto di questo database, è importante sapere cos'è un modello di mouse. Un modello murino è estremamente utile perché geneticamente e genomicamente, l'uomo e il topo sono molto simili, con molti dei geni correlati alla malattia che sono quasi identici. Quindi, se si scopre una cura per un disturbo del mouse, si apre un nuovo percorso e vi è un'alta probabilità che si possa lavorare sullo stesso metodo per trattare una condizione umana simile.

Quindi è chiaro il motivo per cui un database Open Source come Tabula Muris può contribuire notevolmente all'utilizzo efficace e al rafforzamento di questo modello di mouse.

DOI: 10.1038 / s41586-018-0590-4

Il database comprende circa 15 GB di set di dati open source disponibili su Figshare, una piattaforma aperta per la condivisione dei dati di ricerca. Codice e annotazioni sono disponibili su GitHub.

Questo "Atlante del mouse" è costituito da dati trascrittomici a singola cellula dall'organismo modello. Mus musculus (il nome scientifico del mouse) comprende più di 100.000 cellule di 20 organi e tessuti.

La Tabula Muris, sebbene non esauriente nella sua fase attuale, ha gettato una solida base per futuri studi in diverse discipline fisiologiche.

Se esaminiamo brevemente alcune conclusioni della ricerca passata basate su modelli murini per combattere le malattie, sarebbe più facile per noi capire perché il database può essere così utile per studiarle tutte.

Ricerca sulle malattie basate sul modello murino

Il morbo di Alzheimer

Il documento concludeva che ci sono diversi modelli di topi utilizzati negli studi preclinici e sebbene costituiscano uno strumento prezioso sia per la sperimentazione di nuovi farmaci sia per la decifrazione della patofisiologia della malattia di Alzheimer, devono essere migliorati per consentire una migliore estrapolazione dei risultati generati in la clinica.

DOI: 10.3233 / jad-170045

Diabete

Nel suo ultimo paragrafo, il documento concludeva la discussione su modelli efficaci di topo per comprendere il diabete e le malattie renali legate all'obesità e sviluppare nuove strategie diagnostiche e terapeutiche. Il diabete, l'obesità e le malattie renali sono tutti interconnessi.

DOI: 10.1371 / journal.pone.0162131

Insufficienza cardiaca

La conclusione di questo lavoro sottolinea che modifiche relativamente semplici nella progettazione sperimentale di modelli animali di insufficienza cardiaca hanno il potenziale di consentire una maggiore comprensione della complessità della sindrome da insufficienza cardiaca clinica che può portare a progressi clinici utilizzando le tecnologie attualmente disponibili.

DOI: 10.1242 / dmm.005017

Cancro

Quest'ultimo documento mostra il significato di un'iniziativa Open Science come Biohub. Parla di un team multi-esperto composto da biologi dei tumori, patologi e clinici, nonché esperti in ingegneria tissutale e medicina rigenerativa, biologia dei sistemi, biomateriali, imaging biomedico, farmacologia, ingegneria, fisica, scienze dei materiali e bioinformatica che uniscono le forze per migliorare la preclinica modello di mouse, che è molto simile alla visione di come è stata creata Tabula Muris.

DOI: 10.1016 / j.tibtech.2017.12.001

Passando attraverso tutte queste conclusioni e facendo riferimento al database su Figshare, ci si può riferire al suo significato come una nuova piattaforma per studenti e ricercatori per costruire sul miglioramento del modello del mouse.

Sommario

Quindi, in questo articolo, abbiamo brevemente discusso Tabula Muris e anche cercato di capire il suo significato, mettendolo in relazione con il lavoro di ricerca sulle malattie che sono guidate dal modello del mouse.

Si prega di condividere con noi nella sezione commenti qui sotto se avete commenti o pensieri su questo nuovo mouse Atlas.

Raccomandato

Primo sguardo agli sfondi predefiniti di Ubuntu 15.10
2019
Come mostrare la percentuale della batteria in Ubuntu 18.04 e 17.10
2019
Personalizzazione Ubuntu MATE
2019